KAV, etkin ve çok boyutlu bir araştırma vakfı işlevi görebilmek için Araştırmalar Koordinatörlüğü, Projeler Koordinatörlüğü ve Mali ve İdari İşler Koordinatörlüğü olmak üzere üç ana koordinatörlük altında yapılanmıştır. Her koordinatörlük bünyesinde tematik direktörlükler faaliyet göstermektedir.
